Τα γεγονότα του σεναρίου έχουν ως επίκεντρο τον Jim Raynor, ο οποίος βρίσκεται σε ακόμη μια προσπάθεια να εξοντώσει τους Zerg και τον Αυτοκράτορα Mengsk - νιώθοντας παράλληλα ενοχές για όσα έχει προκαλέσει στη Sara Kerrigan. Οι φίλοι και οι φίλες του Αθηνόραμα Digital που δεν είχαν την ευκαιρία να έλθουν σε επαφή με την γενική υπόθεση του StarCraft στο παρελθόν δεν θα πρέπει να ανησυχούν, αφού μέσα από μια σειρά video κινηματογραφικής ποιότητας το νέο StarCraft αναλαμβάνει να εξιστορήσει όλα τα σημαντικά γεγονότα, ώστε να βάλει όλους τους νέους παίκτες στο... νόημα.

Οι αποστολές είναι διαφόρων μορφών, ποικίλλοντας από την απλή καταστροφή των αντίπαλων στρατευμάτων ή την επιτήρηση συγκεκριμένων σημείων σε διεκδικούμενες περιοχές, μέχρι την την προστατευτική συνοδεία οχημάτων που μεταφέρουν πυρομαχικά ή την ολοσχερή εξόντωση συγκεκριμένα των αντίπαλων μεταφορικών μέσων. Τα φυσικά φαινόμενα, που συμμετέχουν σε πολλές των περιπτώσεων, εμπλουτίζουν τη δράση και κάνουν κάθε επίπεδο να διαφέρει από το προηγούμενο και το επόμενό του. Τα στρατεύματα του παίκτη θα κληθούν να προστατευθούν - για παράδειγμα - στο χαμηλότερο επίπεδο ενός πεδίου μάχης το οποίο κάθε πέντε λεπτά πλημμυρίζει με λάβα (!), η οποία φυσικά καταστρέφει ο,τιδήποτε βρεθεί στο πέρασμά της.

Πέραν της κεντρικής αποστολής σε καθένα από τα διαθέσιμα επίπεδα, ο παίκτης έχει την ευκαιρία να εκπληρώσει και δευτερεύοντες στόχους, οι οποίοι τού προσφέρουν έξτρα χρήματα για να επενδύσει στο στράτευμά του, αλλά και μία σειρά από επιτεύγματα (Achievements). Μετά την ολοκλήρωση των αποστολών ο παίκτης επανέρχεται στο Hyperion, το μαχητικό σκάφος του Raynor: εκεί μπορεί να κινηθεί στους διαθέσιμους χώρους του και να συνομιλήσει με μέλη του πληρώματος. Με αυτόν τον τρόπο θα πάρει πληροφορίες για την μέχρι τώρα πορεία του και τη συνέχεια της περιπέτειας, να προσλάβει νέους μισθοφόρους που θα τον βοηθήσουν στις μετέπειτα μάχες ή να ενισχύσει την τεχνολογία των μονάδων και των κτιρίων του.